Toàn Tập Hướng Dẫn Thủ Tục Hải Quan 2025: Từ A-Z Cho Doanh Nghiệp

Nếu bạn đang “ngộp” trong mớ chứng từ và quy trình, hay đơn giản là muốn hệ thống hóa lại kiến thức về thủ tục hải quan, bài viết này chính là thứ bạn cần.

Chúng ta sẽ cùng nhau “bóc tách” mọi thứ một cách đơn giản nhất: từ các bước khai báo điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS, vai trò của Cơ chế một cửa quốc gia (NSW), đến những cập nhật quan trọng về Doanh nghiệp ưu tiên (AEO) trong năm 2025.

Mục tiêu là giúp bạn tự tin thông quan, giảm thiểu sai sót về thủ tục hải quan và dự báo chi phí chính xác hơn.

Tổng Quan Quy Trình Thủ Tục Hải Quan Điện Tử Hiện Nay

Về nguyên tắc, mọi thủ tục hải quan đều phải được thực hiện công khai, nhanh chóng và đúng pháp luật. “Xương sống” của toàn bộ quy trình này chính là hệ thống VNACCS/VCIS (Hệ thống thông quan tự động của Việt Nam).

Đây là hệ thống cốt lõi cho phép doanh nghiệp truyền dữ liệu thủ tục kê khai điện tử. Hệ thống sẽ tự động xử lý, trả kết quả phân luồng và điều phối các bước tiếp theo.

Các khâu chính trong một quy trình chuẩn bao gồm:

Khai báo và truyền tờ khai điện tử.
Hệ thống kiểm tra hồ sơ và tự động phân luồng (Xanh/Vàng/Đỏ).
Doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ nộp thuế (nếu có).
Cơ quan hải quan ra quyết định thông quan hoặc giải phóng hàng.
Lưu trữ hồ sơ theo quy định.

3 Bước Chuẩn Bị Nền Tảng Trước Khi Khai Tờ Khai Thủ Tục Hải Quan

Trước khi có thể truyền tờ khai đầu tiên, bạn bắt buộc phải hoàn thành 3 bước kỹ thuật nền tảng sau:

Đăng ký Chữ ký số: Đây là “con dấu điện tử” của doanh nghiệp, bắt buộc phải có để xác thực danh tính khi làm việc với cơ quan hải quan.
Đăng ký Người sử dụng: Đăng ký tài khoản người dùng cho doanh nghiệp trên hệ thống VNACCS/VCIS.
Cấu hình Hệ thống: Cài đặt và cấu hình phần mềm khai báo hải quan (như ECUS) để đảm bảo có thể truyền và nhận dữ liệu tờ khai.

Bên cạnh đó, Cơ chế một cửa quốc gia (NSW) là một cổng thông tin cực kỳ quan trọng. Thay vì phải “chạy” đến nhiều bộ, ngành khác nhau để xin giấy phép chuyên ngành (như kiểm dịch, kiểm tra chất lượng, C/O…), giờ đây bạn chỉ cần nộp hồ sơ điện tử tại một đầu mối duy nhất là NSW. Dữ liệu sẽ tự động được chia sẻ đến các bộ liên quan và trả kết quả về lại cho hải quan.

Bộ Hồ Sơ Thủ Tục Hải Quan Chuẩn và Các Lỗi Sai Phổ Biến Cần Tránh

Bộ hồ sơ hải quan tối thiểu gồm những gì?

Tùy thuộc vào loại hình (kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu…), một bộ hồ sơ chuẩn thường bao gồm:

Tờ khai hải quan (đã truyền qua VNACCS/VCIS).
Hợp đồng thương mại (Sales Contract).
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice).
Phiếu đóng gói (Packing List).
Vận đơn (Bill of Lading / Air Waybill).
Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O – nếu có, để hưởng ưu đãi thuế).
Các giấy phép/chứng từ kiểm tra chuyên ngành (nếu hàng hóa yêu cầu).

Cảnh báo: Các lỗi sai phổ biến khiến bạn bị “luồng vàng/đỏ”

Thông quan chậm trễ thường xuất phát từ những sai sót cơ bản sau:

Sai mã HS: Áp mã HS không thống nhất với mô tả hàng, dẫn đến sai lệch về chính sách thuế và pháp lý.
Thiếu chứng từ chuyên ngành: Hàng đã về đến cảng nhưng chưa có kết quả kiểm tra chuyên ngành trả về trên hệ thống NSW.
Sai lệch thông tin: Chênh lệch về trị giá, trọng lượng, số lượng giữa tờ khai và các chứng từ gốc.

Những lỗi này sẽ khiến tờ khai thủ tục hải quan bị chuyển sang Luồng Vàng (kiểm tra hồ sơ giấy) hoặc Luồng Đỏ (kiểm tra thực tế hàng hóa), gây phát sinh chi phí và kéo dài thời gian chờ đợi.

Chi Tiết Quy Trình 4 Bước: Khai Báo, Phân Luồng, Thông Quan

Bước 1: Khai báo và truyền tờ khai: Doanh nghiệp nhập liệu và truyền tờ khai chính thức qua phần mềm lên hệ thống VNACCS/VCIS.
Bước 2: Phân luồng tự động: Hệ thống ngay lập tức trả về kết quả phân luồng:
- Luồng Xanh: Miễn kiểm tra. Doanh nghiệp chỉ cần hoàn thành nghĩa vụ thuế (nếu có) là được thông quan.
- Luồng Vàng: Kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy. Hải quan sẽ đối chiếu tờ khai với các chứng từ gốc.
- Luồng Đỏ: Kiểm tra thực tế hàng hóa. Hải quan sẽ mở container/kiện hàng để kiểm tra đối chiếu.
Bước 3: Hoàn thành nghĩa vụ thuế: Nộp thuế xuất/nhập khẩu, thuế GTGT… theo kết quả tính thuế trên tờ khai.
Bước 4: Nhận quyết định thông quan: Sau khi hoàn tất các bước trên, hệ thống cấp phép thông quan hoặc giải phóng hàng để doanh nghiệp lấy hàng.

Giải pháp dự phòng khi hệ thống VNACCS/VCIS gặp sự cố

Trong trường hợp hi hữu hệ thống VNACCS/VCIS bị gián đoạn toàn phần, Tổng cục Hải quan luôn có các quy trình dự phòng (ví dụ Quyết định 2537/QĐ-TCHQ) để doanh nghiệp có thể làm thủ tục hải quan bằng các kênh tạm, đảm bảo hàng hóa được giải phóng, tránh đứt gãy chuỗi cung ứng.

Cập Nhật 2025: Doanh Nghiệp Ưu Tiên (AEO) và Tiêu Chí Mới

AEO là gì và lợi ích ra sao?

AEO (Authorized Economic Operator – Doanh nghiệp ưu tiên) là một “chứng nhận” của cơ quan hải quan dành cho các doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật và đảm bảo an ninh chuỗi cung ứng.

Lợi ích lớn nhất của AEO là được hưởng cơ chế ưu tiên vượt trội:

Tỷ lệ luồng xanh gần như tuyệt đối, miễn kiểm tra hồ sơ và hàng hóa.
Ưu tiên xử lý thủ tục hải quan khi có vướng mắc.
Giảm đáng kể thời gian và chi phí thông quan.

Cập nhật quan trọng từ 07/2025

Từ ngày 01/07/2025, các quy định mới sẽ siết chặt hơn tiêu chí để được công nhận AEO. Đáng chú ý, các doanh nghiệp đã được công nhận AEO trước ngày 01/07/2025 sẽ có 1 năm (đến 30/06/2026) để rà soát, cập nhật và đáp ứng các tiêu chí mới.

Điều này yêu cầu các doanh nghiệp, đặc biệt là các nhà xuất nhập khẩu lớn, phải ngay lập tức rà soát lại quy trình tuân thủ nội bộ của mình.

Nắm vững thủ tục hải quan là chìa khóa để làm chủ chuỗi cung ứng của bạn. Dù quy trình có vẻ phức tạp, việc chuẩn bị kỹ lưỡng hồ sơ, hiểu rõ hệ thống (VNACCS/VCIS, NSW) và cập nhật các chính sách mới (như AEO 2025) sẽ giúp bạn tránh được hầu hết các rủi ro và chậm trễ không đáng có.

Tại Minh Vân Logistics, chúng tôi hỗ trợ khách hàng không chỉ ở khâu vận chuyển, mà còn ở việc chuẩn hóa toàn bộ quy trình kê khai thủ tục hải quan, giúp tiết kiệm thời gian và tối ưu hóa chi phí của bạn: